太仓卫百户过云适就是一位善唱南曲的度曲家，魏良辅常常以研究心得向他请教，每次度曲都要等到过认为满意了方肯罢休。从安徽寿州（今寿县）发配至太仓的戏剧家张野塘擅长弦索和北曲，魏良辅也经常向他请教，二人成了莫逆之交。魏良辅有一位貌美善歌的女儿，许多富贵人家争相求婚都被他拒绝，后来许配给了张野塘。

在过云适、张野塘等人的协助下，魏良辅吸收了当时流行的海盐腔、余姚腔以及江南民歌小调的某些特点，对流传于昆山一带的戏曲唱腔进行加工整理，将南北曲融合为一体，既可使南曲“收音纯细”，又可命名北曲“转无北气”，从而改变了以往那种平直无意韵的呆板唱腔，形成了一种格调新颖、唱法细腻、舒徐委婉的“水磨腔”（昆腔）。它以清唱的形式出现，终于使昆腔在无大锣大鼓烘托的气氛下能够清丽悠远，旋律更加优美。同时，魏良辅对伴奏乐器也进行了改革。原来南曲伴奏以箫、管为主要乐器，为了使昆腔的演唱更富有感染力，他将笛、管、笙、琴、琵琶、弦子等乐器集合于一堂，用来伴奏昆腔的演唱，一举成功。

魏良辅从此名声大振，被后人奉为“昆曲之祖”、在曲艺界更有“曲圣”之称。著有《曲律》（一名《南词引正》）一书，是论述昆腔唱法及南北曲流派的重要著作。